本发明属于酶的基因工程技术领域,涉及一种来源于短小芽孢杆菌的新型木糖苷酶及其基因、工程菌、制备方法和应用。其技术方案是利用分子生物学手段和基因工程技术获得该新型木糖苷酶的基因,然后将该新型木糖苷酶基因,分别在枯草芽孢杆菌表达系统和毕赤酵母表达系统中进行表达,分别得到枯草芽胞杆菌高稳定性木糖苷酶重组菌株和毕赤酵母高稳定性木糖苷酶游离表达重组菌株,实现新型木糖苷酶的制备,解决现有技术中木糖苷酶在低温条件下活力低的问题,同时该新型细菌木糖苷酶在木聚糖酶的协同作用下彻底分解木聚糖和利用木糖合成木二糖有较好的作用。