本发明提供了一种基于组学整合技术调控固态发酵的方法及其系统和应用,涉及固态发酵技术领域。所述方法可实现固态发酵核心功能模块的准确挖掘,为解析固态发酵过程、构建理性调控策略提供了新方向。所述方法包括步骤：将固态发酵过程检测所得组学数据通过KEGG数据库比对,获得整个发酵过程的生化信息；根据生化信息在KEGG数据库中所属的代谢模块进行组装,构建全基因尺度代谢网络；在代谢网络中,采用不同标识表示基因组、化合物、酶活的含量水平,将固态发酵过程进行可视化；根据代谢网络属性划分所得全基因尺度代谢网络；基于所得划分结果,对组学数据与目标研究对象依据统计学方法进行关联性分析；由分析结果确定固态发酵的核心功能模块。