本发明属于基因工程领域,公开了一种以多重复序列为同源重组位点的基因工程蓝藻的构建方法,并且具体公开了一种利用多重复序列为同源重组位点在集胞藻PCC6803中表达外源基因的通用工具质粒,所述通用质粒带有能与蓝藻基因组多重复序列为同源重组位点进行同源重组的上下游同源臂,能够将目的基因重组至蓝藻的基因组中；同时公布一种以多重复序列中单次重复序列或其中的片段分别作为上下游同源臂通过同源重组获得产纤维素内切酶CelI15、纤维素外切酶CBHⅡ、木聚糖酶xynLc9基因工程藻及构建方法,该方法可用于目前已知其全基因组序列存在多重复序列的蓝藻,以其多重复序列作为同源重组位点将外源基因重组至其基因组上,进行高效率的表达。