本发明提供了一种基于KASP的卤虫核心分子标记组合及其应用,涉及分子生物学、种质资源学和分子育种技术领域。本发明从290份卤虫资源简化测序产生的53万个SNP标记中筛选设计出13个卤虫核心标记。利用该套标记组合可以应用于构建卤虫SNP指纹图谱,检测卤虫品种的真实性,保证卤虫资源收集的可靠性,可以进行卤虫资源亲缘关系分析,并指导卤虫育种工作。所选择的13个核心SNP标记具有很高的遗传多样性,且稳定性好具有较好的可重复性,有很好的可利用性和推广价值。