本发明属于生物工程技术领域,涉及工业微生物的育种,具体涉及一种酿酒酵母基因工程菌株及其构建方法和在高产乙酸乙酯中的用途。其中,该酿酒酵母基因工程菌株异源过表达乙醛脱氢酶基因ALD6、乙酰辅酶A合成酶基因ACS1和醇酰基转移酶基因AeAT9。本发明提供的高产乙酸乙酯低产高级醇酿酒酵母菌株,在发酵过程中保持优良酒精发酵特性的同时产生基础酯香物质乙酸乙酯,同时降低对饮后舒适度有不利影响的高级醇生成,对于白酒产品风味特征维持与强化,对于质量提高与稳定,乃至发酵工艺改革,都具有重要意义。