本发明涉及一种ε-聚赖氨酸硅纳米颗粒及制备方法。ε-聚赖氨酸硅纳米颗粒是在硅纳米内核表层修饰有阳离子型ε-聚赖氨酸核壳。其制备方法是,采用正硅酸乙酯在油包水型微乳液体系中水解,直接制备二氧化硅纳米颗粒,再与ε-聚赖氨酸结合得到。本发明的ε-聚赖氨酸硅纳米颗粒制备方法简单,具有良好的生物相容性,并且无细胞毒性,具有吸附DNA等带有负电荷物质的功能,可作为一种新型基因载体或色谱填料。