本发明属于微生物代谢工程领域,具体涉及一种利用甘露糖合成岩藻糖基乳糖并提高甘露糖利用率的菌株及方法。所述方法是通过在岩藻糖基乳糖生产菌株基因组上D-甘露糖异构酶编码基因yihS和甘露糖特异性PTS酶IIAB组分编码基因manX中的至少一种缺失表达实现。特别是敲除D-甘露糖异构酶编码基因yihS的同时,对manX基因进行失活,能够大大提高利用甘露糖生产岩藻糖基乳糖的转化率和产量。