本发明涉及一种虾夷扇贝下脚料高值化利用的方法,其主要技术特点是：将虾夷扇贝下脚料洗净、称重,加水制成匀浆液,在匀浆液中加入胰蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶酶解,将酶解液离心,分离上清液和沉淀两部分,上清液加双氧水脱色,离心,调pH值,离心除去酸性、中性蛋白质,上清液醇沉,得粗糖胺聚糖粗品,得率为0.265%,粗品加纯水溶解,加入0.4%胰蛋白酶二次酶解,离心,上清液醇沉,加入CTAB(十六烷基三甲基溴化铵),离心,将沉淀溶于乙酸钠溶液中,得解离液,透析、醇沉,获得高纯度糖胺聚糖,糖胺聚糖纯度可达90%以上,该糖胺聚糖具有较强的抗氧化作用,可以用作功能性食品的原料。所有蛋白沉淀合并,用作动物养殖良好的蛋白源。本发明的优点是将虾夷扇贝加工贝柱的下脚料高值化综合利用,整套工艺流程实现无污染、零排放。