本发明提供了t10,c12-共轭亚油酸工程菌株及其重组表达质粒与构建方法和应用,在产油霉菌拉曼被孢霉中高效表达来源于痤疮丙酸杆菌的亚油酸异构酶基因,首次建立和优化了农杆菌介导的以潮霉素为筛选标记的拉曼被孢霉的遗传转化系统,构建了一株通过亚油酸异构酶催化内源性亚油酸合成单一活性异构体t10,c12-CLA的拉曼被孢霉工程菌株,并利用该菌株成功发酵合成t10,c12-CLA,是一种能利用内源性亚油酸一步法生产单一CLA异构体的方法。本发明将亚油酸异构酶(PAI)在拉曼被孢霉中得到表达,以霉菌菌丝内的亚油酸为催化底物,生成t10,c12-共轭亚油酸。