本发明公开了一种基于W/G/W结构的益生菌微胶囊,所述微胶囊包括益生菌、低聚果糖、没食子酸、油相和疏水性乳化剂；其中,所述低聚果糖、没食子酸为用于包埋益生菌的水相。本发明微胶囊中添加了低聚果糖作为益生元,显著地提高了益生菌的存活率。添加了活性物质没食子酸,其与低聚果糖混合后发挥了协同作用,对菌体的生长繁殖起到了极大的促进作用。利用真空冷冻干燥技术获得稳定的气体层,对菌体实现了多重保护。本发明胶囊在胃中不会被破坏,到达肠部后降解,能进一步改善肠道内的菌群环境,有益于肠道的健康。本发明制备W/G/W结构的益生菌微胶囊的包埋率较高,能有效延长益生菌在常温下的活性。