本发明属于生物医药、食品技术和纳米递送领域,涉及生物分子自组装与活性分子的包埋技术。具体地,本发明公开了一种稳定的、自组装的直链淀粉－脂质－活性分子载药纳米颗粒。本发明所述的新型纳米包埋技术利用直链淀粉、脂质和活性分子,通过非共价相互作用和多级自组装的方式构建直链淀粉-脂质-活性分子复合物纳米颗粒。本发明所述的新型活性分子的纳米包埋技术不仅能够高效包埋活性分子,且包埋率高,其一步制备法步骤简便、易于操作且结构稳定,在胃肠中展示出良好的稳定性并可以实现活性分子在肠道的靶向递送与缓慢释放。本发明可用于构建一种稳定的、自组装的、具有高包埋活性分子能力的纳米载药平台,应用于药品递送系统、特医食品和功能食品等领域。