本发明提供了一种复合蛋白酶交联酶聚集体水解枸杞蛋白制备枸杞多肽的方法,涉及食品深加工领域。该方法包括：利用交联酶聚体技术制备出复合蛋白酶的交联酶聚体,其中,所述复合蛋白酶为风味蛋白酶与木瓜蛋白酶组成(按照酶活比3：1)；利用所制备的复合蛋白酶交联酶聚体水解枸杞蛋白制备枸杞多肽。与单一蛋白酶相比,该方法不仅能够提高枸杞蛋白的水解效率,而且所制备的枸杞蛋白多肽具有良好的抗氧化性能,该方法具有效率高、低能耗、低成本、操作便利、新型绿色、无三废排放等优点。