本发明公开了一种莱茵衣藻纤毛内运送蛋白IFT38的多克隆抗体,其制备步骤如下：构建重组表达载体,该重组表达载体的核苷酸序列包括SEO ID NO.2所示的序列；将所述表达载体转化至大肠杆菌感受态细胞BL21中,得到重组表达菌株；诱导所述重组表达菌株的蛋白表达,得到莱茵衣藻IFT38蛋白；将所述莱茵衣藻IFT38蛋白经过亲和纯化后作为免疫原免疫动物,得到莱茵衣藻IFT38蛋白多克隆抗体。本发明多克隆抗体能特异性识别莱茵衣藻IFT38蛋白,且具有效价高和特异性好的特点；该莱茵衣藻IFT38蛋白多克隆抗体可用于莱茵衣藻IFT38蛋白的检测以及后续以莱茵衣藻为模式生物的IFT38蛋白的功能研究。