本发明公开了一种高产蔗糖异构酶的基因工程菌及其高效生产蔗糖异构酶的方法,属于基因工程和发酵工程技术领域。本发明采用密码子和信号肽优化使蔗糖异构酶基因在地衣芽孢杆菌中的表达量比原来提高了3倍以上。最后,建立了适合酶的合成与分泌、产品回收与制备的生长培养基和发酵工艺,使得产物中异麦芽酮糖的含量达到100%。这为蔗糖异构酶在食品及其它行业的应用奠定了坚实的基础,也为其它工业酶制剂的高效制备提供了技术支持。