本发明公开一种淀粉-枸杞色素复合物的制备方法。具体步骤为：挑拣、清洗、浸泡干枸杞,充分溶胀后的枸杞与不同种类的预糊化淀粉按一定质量比例混合,并于破壁机中在不同转速条件下破壁处理一定时间,收集破壁处理后的淀粉和枸杞混合物,经预冷冻、真空冷冻干燥、研磨过筛后,得到淀粉-枸杞色素复合物。该复合物使用预糊化淀粉作为微胶囊壁材,利用直链淀粉特殊的螺旋空腔结构将枸杞的脂溶性枸杞色素包埋。特点是该复合物能有效提高枸杞粉的贮存稳定性,降低枸杞粉吸湿结块程度,该方法操作简单,使用的原料廉价易得,绿色环保经济,可应用范围广泛。