本发明属于微生物发酵制造技术领域,公开了一种灵芝发酵芜菁耐缺氧功能基料、培养基及其制备方法,利用培养基发酵生产耐缺氧功能基料的方法,包括以灵芝发酵所述培养基,得到耐缺氧功能基料的步骤；依次包括斜面菌种培养、液体种子培养和发酵培养的过程,所述发酵培养为液态发酵,培养条件为：接种量为4-15％,发酵温度为25-35℃,发酵时间为3-7天。本发明通过液态发酵法生产具有耐缺氧功能基料,较大程度上利用原料芜菁,制成耐缺氧功能基料,为后续研制具有耐缺氧保健食品提供相关原料,发酵结束的后续加工简单,生产效率高,能耗少,产物分离较容易,生产成本低,具有广阔应用前景。