本发明涉及一种利用近红外光谱测定发酵液中聚苹果酸含量的方法,包括以下步骤：将含有不同浓度的聚苹果酸的发酵上清液样品扫描近红外光谱,得到样品的红外光谱数据；(2)采用酸水解结合高效液相色谱法测量上述发酵上清液,得到样品的聚苹果酸的浓度；(3)利用偏最小二乘回归算法,联立样品的红外光谱数据和样品的聚苹果酸浓度,建立聚苹果酸浓度的测定模型；(4)输入待测发酵上清液样品的红外光谱数据,利用所述测定模型计算发酵上清液样品中的聚苹果酸浓度。本发明依据近红外光谱的基本原理,开发一种利用近红外光谱的方法定量测量出芽短梗霉发酵液中的聚苹果酸浓度方法,可以在测量过程中减少污染和能耗,降低成本,提高操作效率。