本发明提供了一种新的提取噬菌体基因组DNA的方法,包括以下步骤：噬菌体裂解液扩增后,去除细胞碎片,去除宿主菌的核酸物质,加入PEG6000使噬菌体沉降,使用TM缓冲液重悬后,不使用氯仿抽提,直接加入核酸酶,去除未除尽的宿主菌的基因组,然后使用尿素代替蛋白酶K,使外壳蛋白变性后,通过琼脂糖凝胶电泳使蛋白与基因组DNA分开,然后使用冻融回收的方法,回收噬菌体的基因组DNA。此方法操作简便,特别适用于对氯仿敏感的噬菌体,适用范围更广,大大减少实验成本,缩短提取时间。