本发明公开了一种基于CRISPR-Cas12a驱动的表面增强拉曼散射生物纳米传感器检测病原微生物的方法,包括如下步骤：提取病原微生物RNA,之后通过逆转录将病原微生物RNA逆转录成cDNA；CRISPR-Cas12a系统中设计的特定的crRNA,靶向识别靶标Target；AuNPs@4-MBA@DNA纳米探针与CRISPR-Cas12a切割反应完成的体系均匀混在一个体系中,放置、离心、检测。本发明方法仅需样品简单前处理、CRISPR-Cas12a体系反应和手持显微拉曼即时检测3步,即可检测,该方法只需改变核酸序列,即可实现对不同微生物的检测,可以作为一种通用核酸检测平台在各种情况下进行使用。