本发明属于食品加工领域,具体涉及一种芦丁壳寡糖复合物及其制备方法和应用。包括芦丁以及壳寡糖。所述的芦丁与壳寡糖的摩尔比为1:1-5。本发明提供利用壳寡糖改善芦丁抑菌性和抗氧化性,改善芦丁水溶性、降低芦丁苦味的方法,以芦丁和壳寡糖为原料,根据二者活性成分和结构的特点,通过微包埋技术制备芦丁和壳寡糖的复合物。测试复合物的抑菌性和抗氧化能力均得到显著提高,水溶性明显改善,苦味明显下降,结果显示了良好的可行性和可重复性。这为芦丁在功能性食品,医药和化妆品等领域的创新性应用提供了新的思路。