本发明公开了一种产转葡糖苷酶的黑曲霉菌株,包括用黑曲霉高转苷活性转葡糖苷酶编码基因替换黑曲霉菌株中的糖化酶编码基因和水解活性较高的α-葡萄糖苷酶编码基因,获得了转葡糖苷酶高产新菌株。此菌株能够合成和分泌较高水平的转葡糖苷酶,并且所生产的酶制剂中葡萄糖基水解活性较低,可用于转葡糖苷酶的高效低成本制备,所制备的酶制剂可以用于低聚异麦芽糖的生产并显著提高低聚异麦芽糖的质量。