本发明涉及生物技术领域,公开了一种基于mCherry的筛选系统及其构建方法与应用。所述筛选系统包括：表达载体A和表达载体B；表达载体A的编码框中包含mCherry-Nsplit-linker1片段,mCherry-Nsplit-linker1片段的序列如SEQ ID NO.1所示；表达载体B的编码框中包含linker2-Csplit-mCherry片段,linker2-Csplit-mCherry片段的序列如SEQ ID NO.2所示。将表达载体A和表达载体B分别转入不同的宿主细胞中,当宿主细胞发生杂交时,表达载体A和表达载体B能够通过linker1和linker2重组表达mCherry荧光蛋白,进而可以通过检测荧光信号筛选出发生杂交的宿主细胞。该筛选系统具有高度特异性且可视化,能够与高通量筛选技术结合使用,使得同时处理大量样本变得更加容易。此外,该筛选系统应用时操作简便且成本低廉,适用于各类实验室和生产场景。