本发明涉及一种根癌农杆菌介导的亚麻芥遗传转化方法,该方法将开花初期的亚麻芥花序浸入携带目的基因的载体质粒的根癌农杆菌菌液中,经真空渗透浸染、黑暗条件下共培养后,将亚麻芥植株恢复正常光照培养,直至收获T,0,代种子,播种T,0,代种子,获得T,1,代植株,利用质粒中含有的标记基因对种子或植株进行初步筛选,最终利用PCR扩增技术等鉴定携带目的基因的亚麻芥转基因植株。本发明方法相比于传统的浸染方法,转化率较高,成功实现了亚麻芥的遗传转化,不仅为改造亚麻芥转基因新品种用于功能性食品、生物燃料等领域奠定了基础,也为其它种类植物的基因改造提供了方法与技术上的借鉴。