本发明公开了一种高产柠檬酸的黑曲霉菌株(Aspergillusniger),所述菌株是通过在黑曲霉中敲除敲除草酰乙酸水解酶基因oahA,单独或共同强化表达柠檬酸转运蛋白编码基因cexA、单独或共同强化表达葡萄糖低亲和力转运蛋白基因mstC、单独或共同强化表达己糖激酶基因hxkA,单独或共同强化表达磷酸果糖激酶基因pfkA、单独或共同强化表达葡萄糖高亲和力转运蛋白基因mstA,单独或共同强化表达透明颤菌血红蛋白编码基因vgb获得而获得的。本发明从消除发酵中副产物草酸的合成,从而提高底物合成柠檬酸的转化率。