本发明公开了一种高产ε-聚赖氨酸及其盐酸盐链霉菌基因工程菌,是将二氨基庚二酸途径DAP中的琥珀酰二氨基庚二酸脂脱琥珀酸酶基因dapE在S.diastatochromogenes6#-7中过量表达得到的,过表达的dapE基因核苷酸序列与SEQ ID No.1具有83.9％及以上的一致性。本发明以淀粉酶产色链霉菌6#-7为底盘菌株,过表达淀琥珀酰二氨基庚二酸脂脱琥珀酸酶基因dapE,获得过表达dapE基因的高产工程菌株淀粉酶产色链霉菌dapE。将高产工程菌株淀粉酶产色链霉菌dapE用于发酵生产ε-聚赖氨酸及其盐酸盐可显著提高ε-聚赖氨酸发酵水平,提高菌株生产强度,降低生产成本。