本发明属于微生物发酵和酶工程领域,具体涉及一种果糖基转移酶、其高产菌株的构建和果糖基转移酶的高效发酵制备。本发明分离获得一株具有较好合成果糖基转移酶的黑曲霉菌株,确定其果糖基转移酶及其编码基因；进一步通过无痕基因交换方法,用黑曲霉自身的果糖基转移酶编码基因替换其自身的果糖基水解酶编码基因,获得果糖基转移酶黑曲霉新菌种,并建立果糖基转移酶的发酵生产技术,进行低聚果糖的酶法制备的应用性能分析。