本发明公开了一种高稳定性纤维素基天然食用花青素色素复合物的制备方法,该复合物由主料和辅料两部分组成,所述主料包括功能性成分花青素,及用来负载功能性成分的基材纳米/微米纤维素类物质或其衍生物胶体溶液,而辅料则涵盖稳定剂及多糖类增稠剂,在较低转速下,花青素天然色素的水性/有机溶剂溶液逐滴加入到经过预剪切的以纤维素基胶体溶液为主体成分的基材母液中,高速剪切制得纤维素基色素复合物,所述色素复合物为水基花青素色素复合物乳液,所述水基花青素色素复合物乳液再经过后加工处理而制备得到一种花青素色素复合物的固体颗粒,不同性态的花青素色素复合物在水中均可实现良好分散,并且可以提高色素的贮藏稳定性,延长其作用期限。