本发明公开了一种高产ε-聚赖氨酸及其盐酸盐的基因工程菌株,所述基因工程菌株是以产ε-聚赖氨酸链霉菌为底盘菌株,并进行如下之一改造：a)过表达二氨基庚二酸酯差向异构酶基因dapF；b)过表达二氨基庚二酸酯脱羧酶基因lysA。本发明通过在产ε-聚赖氨酸链霉菌底盘菌株的基础上进行基因工程高改造,过表达影响ε-聚赖氨酸合成的二氨基庚二酸酯差向异构酶基因dapF或二氨基庚二酸酯脱羧酶基因lysA中的一个,获得ε-聚赖氨酸及其盐酸盐高产链霉菌工程菌株并应用高产工程菌株发酵生产ε-聚赖氨酸及其盐酸盐,显著降低了生产成本,为ε-聚赖氨酸的工业生产提供了优良菌种。