本发明属于生物工程技术领域,公开了一株降低L-苹果酸发酵过程中副产物琥珀酸的黑曲霉工程菌株,所述黑曲霉工程菌株是敲除了产L-苹果酸的黑曲霉菌株中特定基因ctp6的黑曲霉工程菌株。本发明克服了现有技术中的不足,现有的利用黑曲霉发酵生产苹果酸的过程中,副产物琥珀酸会伴随着苹果酸的产生而积累,造成后续苹果酸纯化工艺成本的提高,本发明提供了一种ctp6基因敲除的黑曲霉工程菌株,和一种大大减少黑曲霉发酵过程中副产物琥珀酸的方法。本发明显著地减少了黑曲霉发酵生产苹果酸过程中积累的副产物琥珀酸,减少了下游分离纯化苹果酸过程中的成本,为工业化发酵生产苹果酸提供了优良菌株。