本发明涉及一种基因工程高产ε-聚赖氨酸菌株淀粉酶产色链霉菌,所述淀粉酶产色链霉菌将脂肪酸合成代谢通路中的关键基因脂肪酸ACP合酶基因fabF在Streptomyces diastatochromogenes 6#-7中分别敲除得到的。本发明通过敲除脂肪酸合成代谢途径中关键基因获得基因工程重组菌株,经过实验证实,该链霉菌基因工程菌株在相同情况下较原始菌株淀粉酶产色链霉菌TUST生产ε-聚赖氨酸的能力均有提高,为ε-聚赖氨酸生产提供了优良菌种。