本发明属于基因工程技术领域,公开了一种载体、生产低分子量透明质酸菌株及其构建方法与应用,通过构建六磷酸葡萄糖异构酶hasE敲除载体,并将该载体转入兽疫链球菌ATCC 39920中得到hasE基因敲除菌株。随后构建六磷酸果糖激酶基因scrK的过表达载体,并将该载体转入兽疫链球菌ATCC 39920的hasE敲除菌株中,获得scrK过表达菌株。本发明基因工程菌株应用于低分子量透明质酸的生产,通过发酵法可以获得稳定的小分子量透明质酸。该基因工程菌株具有很好的工业化应用前景。通过发酵能够得到分子量为1.43MDa的HA,与野生型兽疫链球菌相比,透明质酸分子量降低了42％左右。