本发明涉及一种以大孔阴离子树脂为填充料的果糖基转移酶的初纯化方法,将经预处理大孔阴离子树脂装层析柱,用磷酸缓冲液冲洗层析柱层析柱,平衡层析柱,将含有果糖基转移酶的粗酶液上样,用两倍体积的磷酸缓冲液洗脱,再用两倍体积的磷酸缓冲液配置的1mol/mL的NaCl溶液0-1mol/mL梯度洗脱,用UV280nm在线监测,收集有酶活的峰,将收集到有酶活的酶液浓缩即得果糖基转移酶。本发明通过先球磨再超高压均质的方法得到了酶活较高的酶液,再采用大孔阴离子树脂D290为填充料对果糖基转移酶进行初纯化,得到具有一定纯度的果糖基转移酶,对于利用果糖就转移酶生产低聚果糖具有十分重要的现实意义和工业价值。