本发明提出一种分子模拟双酚A特异性多肽的筛选方法,属于食品安全技术领域。所述方法包括如下步骤：1)通过蛋白叠加和分子对接,全面解析蛋白质结构数据库中双酚A-蛋白共晶化合物的分子结构和相互作用获取受体蛋白及原始母链；2)根据步骤1)所得原始母链,分析分子对接结果中主要作用氨基酸进行亲本肽段的截取得亲本多肽；3)通过对步骤2)所得亲本多肽进行虚拟氨基酸突变,构建与双酚A特异性结合的多肽库,运用分子动力学对多肽进行初步筛选；4)将步骤3)筛选得到的多肽链作为特异性识别元件,用异硫氰酸荧光素标记多肽组成特异性识别探针,将特异性识别探针与双酚A混合,根据荧光差值不同筛选出与双酚A特异性结合能力最强的多肽序列。本发明主要应用于有毒有害小分子、活性成分、功能因子特异性识别元件的筛选。该方法避免了抗体复杂的制备步骤、适配体繁琐的筛选过程,实现了特异性识别元件的高通量设计。