本发明涉及一种基于拉普拉斯正则化的单细胞RNA-seq数据的插补方法,其技术特点包括：针对单细胞的RNA测序数据的缺失问题,首先建立一种非负矩阵分解方法,然后再因为相似的细胞在空间的嵌入往往也是接近的,故提出将拉普拉斯正则化和非负矩阵分解结合。具体来说,因为相似性的细胞往往具有相似的基因表达,故本发明分别计算了细胞的相似性和基因的相似性,这样所利用的信息更加丰富。总之,本发明能够提高单细胞RNA测序数据的插补准确率,且能够有效提高下游实验效果。