本发明涉及一种低胆固醇高营养长保存期的生禽蛋的制作方法及系统,步骤如下：⑴蛋清蛋黄的分离；⑵蛋黄的去胆固醇；⑶蛋黄的净化；⑷蛋黄的营养强化及杀菌；⑸蛋黄的浓缩和包装；⑹无菌包装,即得低胆固醇高营养长保存期的生禽蛋。本发明方法制备得到的生禽蛋,因蛋清、蛋黄经营养、风味或色泽的添加或强化,营养更齐全、价值更高,制备出的生禽蛋有较好色泽、风味；通过添加不同的营养强化剂,使其适合不同人群的需要；该方法制备得到的生禽蛋,因经过固定化的胆固醇氧化酶酶解处理,胆固醇降低,使得禽蛋蛋黄兼既具有营养性,又因低胆固醇含量而适合更多人群,防止消费者血压、血脂水平升高,保证了其安全性,消除了消费者的顾虑。