高效降解菌株能长期保存并保持降解性状的稳定是环境污染的生物修复领域的一个重要环节。本发明采用缺氧保存的策略,将菌株用一定的包埋载体固定化后置于硅油-水的双液相体系中来长期保存。该方法可满足污水处理、土壤修复、废气净化、固废处理等高效菌株的保存的需求,既能达到保证菌株存活,又能使菌株具有持续的降解功能特性。本方法保存的菌株能在5年甚至更长时间存活,不被污染,不需驯化,活化后的菌株具有稳定的污染物降解能力。