本发明涉及传统食醋发酵过程样品中微生物总基因组的通用提取方法,属于分子生物学技术领域。本发明要解决的技术问题是提供一种适合于从固态发酵、半固态发酵和液态发酵的不同状态的传统食醋样品中提取微生物总基因组的方法。本发明的微生物总基因组提取方法包括以下步骤：食醋发酵样品预处理、微生物基因组DNA的抽提、除杂及漂洗浓缩。本发明的基因组提取方法为原位提取,所需样品量少于5g,不需要添加蛋白酶、纤维素酶、蜗牛酶等制剂,提取的基因组纯度质量高,可直接用于后续分子指纹图谱分析、宏基因组学分析、PCR(聚合酶链式反应)扩增目的基因和克隆文库的构建。