本发明属于食品加工和保健品技术领域,具体涉及可控、选择性制备不同晶型的淀粉-脂肪酸复合物的方法及其应用。包括：对高直链淀粉脱分支,脱分支淀粉和脂肪酸类复合,并仅仅通过调控复合温度、复合时间(10～16h),就能实现选择性制备纯I型、纯II型复合物,且形成的复合物纯度较高。制备的两种不同晶型的复合物与天然淀粉相比具有更高的酶抗性,以及更低的消化速率和消化程度,具有更好的潜在降血糖和肠道益生等作用,有利于开发低升糖指数食品或保健品,改善肠道微生态及人体营养和健康。本发明工艺选择性高、产物纯度高,路线简洁,成本低,便于商业化大规模生产、连续动态生产。