本发明涉及木质素高值利用和土壤治理技术领域,特别涉及一种木质素基盐碱土改良剂及其制备方法。主要步骤如下：将木质素分散在水中,在搅拌的状态下滴加盐酸,使溶液pH稳定在2-3,离心后去掉上清液,沉淀经过2-3次弱酸性水洗涤后加入乙醇-水溶液,充分搅拌抽滤得到滤液,滤液经过蒸发、真空干燥、研磨后得到纯化的钠离子浓度低于0.3％富含酸性功能基团的木质素。将所制备的木质素和脱硫石膏按一定比例混合均匀,即可得到木质素基盐碱土改良剂。本发明所制备的木质素基盐碱土改良剂能够有效改善盐碱土的理化性质,降低盐碱土的碱性,提高土壤有机质,增加植物生长所需的养分,适合盐碱土改良推广使用。