本发明提供了一种生产胞磷胆碱的基因工程菌及其构建方法与应用,所述基因工程菌为重组菌株Escherichiacoli CKI-CCT-CMK-NDK-UDK,该基因工程菌遗传背景清晰、代谢背景低、异源表达能力强,可利用胞苷、氯化胆碱作为底物催化生产胞磷胆碱,具有操作简便、催化周期短、反应条件温和、成本低、摩尔转化率高等优点,为胞磷胆碱工业化生产提供新思路,具有重要的应用价值。