本发明提供了一种高效包埋微生物凝胶及其制备方法,凝胶包括包埋剂、交联剂、活性污泥菌种,所述包埋剂为聚乙烯醇、海藻酸钠和β环糊精,交联剂包括为氯化钙与饱和硼酸或氯化钙与硝酸钠的混合物。本发明中加入了β环糊精,大大增强污水脱氮效果,以及对有机物的去除效率,同时增强了凝胶的吸附性能和微生物活性,大大提高了对污染物的去除效率；β环糊精能够改善小球内部结构,SEM扫描电镜结果显示加入β环糊精后,凝胶内部微生物的生物量增多,表面缝隙更大,有利于营养物质的向内传质；红外光谱结果显示加入β环糊精的凝胶内部的氢键增多,β环糊精能够增加微生物的活性,提高微生物的呼吸速率,增大微生物对有毒物质的抵抗力。