本发明公开了一种纳米微晶纤维素的制备方法,包括：制备纳米微晶纤维素的原料及其处理,酶处理,酸水解和除酸处理；所述原料为木材纤维原料,或非木材纤维原料,或微生物纤维原料其中的一种,原料用磨浆设备处理；酶处理用酶种类为内切葡聚糖酶、外切葡聚糖酶和β－葡萄糖苷酶的其中一种或几种组成物；将纤维素酶加入浆料体系中,纤维素酶-浆料体系反应结束后,通过滤网将固液相分离,随后固相转移至酸水解反应釜中进行酸水解处理和后续除酸处理。制取的纳米微晶纤维素的外形呈球状、椭球状或棒状,粒子长度为50nm～500nm,宽度10nm～30nm,粒径分布较均匀。本发明的酸处理的酸用量仅为5wt%～40wt%,为传统方法的7.7%～61.5%,降低了制备成本,并有益于环境保护。