本发明涉及工业废水处理技术领域,尤其是涉及一种脱硫废水减压蒸发系统及晶种防垢方法,其中,减压蒸发系统包括蒸发器分离室、蒸发器淘洗腿、增稠器和蒸发换热器,蒸发器分离室通过蒸发器淘洗腿与增稠器连通,沿增稠器的高度方向,增稠器上自下而上依次开设有多个晶种晶浆排料口,晶种晶浆排料口均与蒸发器淘洗腿连通；蒸发器分离室与蒸发换热器连通。本发明的脱硫废水减压蒸发系统,针对不同温度蒸发换热器结垢差异性,利用粒度分级和母液回流,可实现蒸发系统晶种粒度和固含量的调控,既可解决晶种不足致使换热器换热面结垢的问题,又可避免因晶种过量和固相富集造成的换热面固体粘附结垢、蒸发液面起泡和蒸发速率下降等问题。