本发明涉及一种四角蛤蜊糖胺聚糖在制备抗血栓药物或保健品上的应用，该四角蛤蜊糖胺聚糖是由四角蛤蜊软体部，采用酶解、离心及醇沉的方法制备成的高纯糖胺聚糖，该高纯糖胺聚糖用于抗血栓药物或保健品的制备，该高纯糖胺聚糖用于抗血栓药物或保健品的使用剂量为200μg-500μg/kg/d，而且，所述抗血栓药物为药剂学上允许的任何口服剂型、注射剂型及何外用剂型。

本方法反应条件温和、糖胺聚糖得率及纯度高，抗血栓作用效果好；而且，本方法采用四角蛤蜊作为提取客体，四角蛤蜊是渤海湾常见的低值贝类，原材料成本低，而糖胺聚糖得率不降低，大大降低了产品成本。