本发明涉及一种α#半乳糖苷酶及其复合酶在半乳甘露聚糖降解中的应用,该酶具有水解半乳甘露聚糖的活性。该酶与来自嗜碱芽孢杆菌N16#5的碱性β#甘露聚糖酶协同作用可大大提高对半乳甘露聚糖的降解程度,提高甘露二糖和甘露三糖的转化率及在产物中的比例。α#半乳糖苷酶Gal27A及其与β#甘露聚糖酶的复配在半乳甘露聚糖降解和甘露二糖、甘露三糖的生产中具有重要的应用价值。