本发明提供一种可巴氏杀菌、常温保存、无后酸化,且可以加热或冲调饮用的益生菌食品及其制备方法。该益生菌发酵食品的制备方法,包括利用青春双歧杆菌和凝结芽孢杆菌分段发酵制备一种可加热益生菌饮品或益生菌冲调食品的方法,具体是以大豆粉、小扁豆粉、苦荞粉、枸杞粉、大枣粉等为主要原料配制液态或固态的发酵基质,利用青春双歧杆菌进行液态发酵或固态发酵,再接入凝结芽孢杆菌进一步发酵；液态发酵结束后经乳化、加稳定剂、调酸、调香、均质、巴氏杀菌后制得可加热益生菌饮品,或者固态发酵结束后经干燥、粉碎制得益生菌冲调食品。