本发明公开了一种纳他霉素高产菌株的构建方法,所述方法是通过在纳他霉素生产菌中过表达负责GDP-甘露糖合成的酶即磷酸甘露糖异构酶的编码基因的方式实现。本发明方法通过在原始菌株中引入受强启动子驱动的磷酸甘露糖异构酶基因或者同时引入受强启动子驱动的磷酸甘露糖异构酶基因、磷酸甘露糖变位酶编码基因、GDP-甘露糖焦磷酸化酶编码基因,实现工程菌株的构建。工程菌株在葡萄糖为碳源的发酵培养基中,纳他霉素的产量比原始菌株显著提高。