本发明提供了一种复合抗性淀粉在调控高产短链脂肪酸菌群中的应用,所述的复合抗性淀粉可以促进产短链脂肪酸菌群的增殖。本发明所述的复合抗性淀粉经过发酵后能够产生更多的短链脂肪酸,尤其是产丙酸和丁酸的能力显著提升；同时,复合抗性淀粉能够显著促进产短链脂肪酸的有益菌种增值,如巨单胞菌属、副拟杆菌属、小杆菌属、巨球型菌属、布劳特式菌、罗氏菌属或霍氏真杆菌等有益菌种,改善肠道菌群的组成与结构(F/B值、α-和β-多样性指数)。本发明方法制备复合抗性淀粉的成本较低,对于精准设计具有特定结构类型的抗性淀粉、实现其靶向调控机体肠道微生态环境进而满足不同人体的健康需求具有重要意义。