本发明提供了一种分子模拟石房蛤毒素特异性多肽的筛选方法及应用,包括如下步骤：通过分子对接进行亲本肽段的截取得到亲本多肽,通过虚拟氨基酸突变构建与石房蛤毒素特异性结合的多肽库,运用分子动力学对多肽进行初步筛选,通过电化学的方法对特异性多肽进行最后筛选及传感器方法的构建。本发明所述的石房蛤毒素特异性多肽的筛选方法利用计算机软件进行化合物分子的虚拟结合、优化,实现了高通量设计,对于筛选出与石房蛤毒素特异性结合的多肽链具有重要意义,同时为实际快速、痕量、准确检测石房蛤毒素提供了新的思路和方法。