本发明属于果醋发酵技术领域,尤其涉及一种护肝枸杞果醋及其制备方法和应用。本发明提供的护肝枸杞果醋的制备方法首先以酵母菌和乳酸菌对枸杞汁进行发酵,然后再接入醋酸菌继续发酵,由此得到的枸杞果醋中富含总酚、总黄酮、有机酸、氨基酸、类胡萝卜素和甜菜碱,能够有效预防因酒精性肝损伤而造成的谷丙转氨酶和谷草转氨酶含量升高。以制备方法制得的护肝枸杞果醋制备对化学性肝损伤有辅助保护作用的产品,特别是对酒精性肝损伤有辅助保护作用的产品。